Địa bàn xã Yên Phú hiện nay trước đây vốn là hai xã Yên Giang và Yên Phú.

Trước khi sáp nhập, xã Yên Phú có diện tích 6,00 km², dân số là 4.102 người, mật độ dân số đạt 684 người/km², có 6 thôn: Bùi Thượng, Bùi Hạ 1, Bùi Hạ 2, Trịnh Lộc, Đa Nẫm, Đa Ngọc. Xã Yên Giang có diện tích 10,48 km², dân số là 3.716 người, mật độ dân số đạt 355 người/km².

Ngày 16 tháng 10 năm 2019, Ủy ban Thường vụ Quốc hội ban hành Nghị quyết số 786/NQ-UBTVQH14 về việc sắp xếp các đơn vị hành chính cấp xã thuộc tỉnh Thanh Hóa (nghị quyết có hiệu lực từ ngày 1 tháng 12 năm 2019)[1]. Theo đó, sáp nhập toàn bộ diện tích và dân số của xã Yên Giang vào xã Yên Phú.